Tư pháp Hồng Kông có quyền xem xét các hành vi lập pháp hành chính và tuyên bố vô hiệu nếu trái với Luật Cơ bản.

Đặc thủ Hồng Kông có thể được chọn bằng bầu cử hoặc tư vấn địa phương, sau Quốc vụ Viện bổ nhiệm.

Sau khi Đổng Kiến Hoa từ chức ngày 10 tháng 5 năm 2005 vấn đề nhiệm kỳ Đặc thủ hậu nhiệm nổi lên. Ngành pháp luật cùng phe dân chủ cho rằng nhiệm kỳ mới nên là 5 năm theo Điều 46. Tuy nhiên chính phủ Hồng Kông, vài nhân vật Bắc Kinh và phái thân Trung thì lại nói nên là nhiệm kỳ còn lại của Đặc thủ ban đầu, do một chỉ tiếng trong bản Tiếng Trung của Luật Cơ bản quy định khái niệm nhiệm kỳ còn lại. Ngày 6 tháng 4 năm 2005 chính phủ xin Ủy ban Thường vụ giải thích, ngày 27 tháng 4 phán rằng Phụ lục I Luật Cơ bản ấn định nếu bất kỳ Đặc thủ nào từ chức vào hoặc trước năm 2007 thì hậu nhiệm sẽ giữ chức cho tới khi nhiệm kỳ cũ kết thúc. Cư dân Hồng Kông thiên về tự trị coi "lời giải thích" của Ủy ban Thường vụ là chính phủ trung ương xâm phạm pháp chế Hương Cảng, vi phạm tinh thần chính sách "một nước hai chế" và làm hại chế độ pháp trị.

Luật Cơ bản cũng bảo đảm phúc lợi ích của công chức. Theo Điều 100 công chức có thể tiếp tục giữ chức có lương bổng, phụ cấp, lợi ích và các điều kiện làm việc không kém hơn trước chuyển giao. Điều 107 quy định chính phủ Khu Đặc chính nên noi theo nguyên tắc giữ chi tiêu trong phạm vi thu nhập khi soạn thảo ngân sách. Có đưa ra vấn đề được phép cắt lương công chức và làm ngân sách thâm hụt hay không; trong thời kỳ suy thoái kinh tế sau nwam 1997 có thâm hụt ngân sách gia tăng (thặng dư kỷ lục năm 2007-08), chính phủ cắt giảm lương ngành công chức khi suy thoái, tăng mạnh khi phục hồi.